Si en alguna cuenta configurada en tu servidor dedicado o virtual, no puedes listar todos los ficheros desde un cliente FTP, necesitarás ampliar el límite en la configuración.
Lo que tienes que hacer es acceder al servidor por SSH utilizando tu usuario y contraseña y editar el archivo de configuración del FTP. Por ejemplo, con este comando abrirás la edición del archivo utilizando el editor "nano".
nano /etc/pure-ftpd.conf

Abrir configuración FTP
Dentro del archivo busca la cadena "LimitRecursion". Esta cadena tiene dos valores: el primero indica la cantidad de ficheros que puede listar el FTP y el segundo la profundidad de subdirectorios.

Editar configuración FTP
Modifica el valor que necesites, guarda los cambios y verás que ya puedes listar más ficheros.
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